Предприятие при бункерных операциях начинает руководствоваться рекомендациями международной конвенции MARPOL касательно процедуры бункеровки судов и ужесточения параметров качества судовых топлив (содержание серы до 3,5% в мазутах).
В 2006 году ЛУКОЙЛ-Нева приступает к поставкам в портах Балтийского моря низкосернистого судового мазута (содержание серы до 1,5%), что соответствует экологическим требованиям MARPOL 73/78 Annex VI, предъявляемым к качеству судовых топлив, используемых судами в зонах SECA (SOx Emission Control Areas — зоны контроля за выбросами соединений серы).
С 2007 года предприятие начинает поставки топлива в речном порту «Ярославль».
В связи с вступлением в силу регулирований по второй зоне SECA – Северное море — поставки низкосернистого мазута начались в порту «Мурманск».
В 2007 году ЛУКОЙЛ-Нева вошла в состав новоорганизованной Российской ассоциации морских и речных бункеровщиков. Представитель предприятия является членом Совета Директоров Ассоциации.
В 2008 году ЛУКОЙЛ-Нева расширила свое присутствие на бункерном рынке России. Новый филиал предприятия, открывшийся в Волгограде, стал регулировать процесс бункеровок на внутренних водах России в портах «Астрахань», «Волгоград», «Оля», а также в Азово-Черноморском бассейне: «Азов», «Ростов», «Ейск», порт «Кавказ».
В 2008 году ЛУКОЙЛ-Нева впервые вышла на международный рынок бункеровки, организовав представительство в Болгарии.
В связи со значительным географическим расширением деятельности предприятия принято решение о переименовании ООО «ЛУКОЙЛ-Нева» в ООО «ЛУКОЙЛ-БУНКЕР».
В октябре 2009 года «ЛУКОЙЛ-Болгария Бункер» ЕООО приступила к бункеровкам в болгарском порту «Видин», расположенном на северо-западе страны, на правом берегу р. Дунай.